A la fin des années 90, la pression sur la CBR 600 F se fait de plus en plus forte, la concurrence rattrape peu à peu son retard, il est temps de réagir. L'arrivée du millésime 1999 sera l'occasion de remettre les pendules à l'heure. Et de quelle façon ! ! ! La CBR 600 F est 100 % nouvelle avec un moteur entièrement revisité, qui développe la bagatelle de 110 ch à 12500 Tr/min. La partie cycle n'est pas en reste, presque révolutionnaire : le cadre est désormais construit en aluminium, tout comme le bras oscillant fixé directement sur les carters moteur pour plus de rigidité. Pour le passage au 21ème Siècle, Honda a voulu que sa CBR 600 soit au sommet et pour cela le premier constructeur mondial n'y est pas allé par quatre chemins. Ce n'est plus un mais deux modèles différents de CBR 600 qui seront présentés. Un modèle nommé CBR 600 F jouant la carte de la polyvalence qui lui a tant réussi pendant de nombreuse années, et une deuxième version plus sportive nommée CBR 600 FS. Cette dernière version est destinée aux courses réservées aux 600 où aux pilotes désirant une vraie 600 Supersport Réplica.